В отчаянной войне за выживание Земли против несокрушимого врага, единственный путь победить их - стать одним из них.

Земля под осадой строггов - инопланетной варварской расы, которая поглощает, изменяет и уничтожает любую цивилизацию, вставшую на их пути. В отчаянии и попытке выжить, земляне посылают на родную планету строггов лучших воинов, чтобы перенести военные действия на Строггос.

Вы - Мэтью Кейн - член элитного отряда "Носорог", и один из доблестных воинов земных сил. Вы будете сражаться в одиночку, с отрядом, или на танке и механическом роботе, во время выполнения героических миссий в сердце военной машины строггов.

Сначала вы будете сражаться как простой смертный солдат, а потом, после захвата, как солдат, превращённый в строгга, с улучшенными способностями и физической силой, которая поможет изменить ход войны.

Построенный на революционной технологии Doom 3: engine, разработанной id, Quake 4 это ещё и мультиплеер, сделанный в духе Quake III Arena.

Сюжет Quake 4:

Сразу после успешного выполнения миссии по уничтожению защиты строггов и их лидера, Макрона, одиноким солдатом (сюжет и события Quake II), строгги быстро перегруппировались и создали нового, более мощного Макрона.

Вы Мэтью Кейн, член элитного отряда "Носорог", который возглавляет следующую волну нападения земных сил.

Нападение массивно, но и защита строггов серьёзна. После грандиозной битвы, вашими усилиями, и усилиями вашего отряда, вы, наконец, таки берёте под контроль зону приземления, и позволяете высадить основные силы землян.

После перегруппировки, вы посылаетесь вместе с вашим отрядом на опасную миссию в сердце базы строггов. В течении смертельной битвы вас захватывают строгги, и отправляют на свой завод "строггофикации".

Вы просыпаетесь, привязанный ремнями на медленно движущемся конвейере превращения людей в строггов. В течение ужасной и отвратительной процедуры, ваше тело расчленяют, и сплавляют с металлом, проводами и чипами.

После всех изменений, в самом конце, в ваш мозг имплантируется чип, но в это время вас спасают отряд солдат, и возвращает на базу.

И хотя вы ещё не подсоединены к коллективному разуму строггов, остальные изменения вашего тела уже осуществлены. Теперь вы почти строг, понимающий язык чужих, и способный на то, на что ещё не был способен ни один человек.

Осознав ваши преимущества, солдаты проникают в недоступный ранее "Нексус" (коллективный разум строггов), и уничтожают его. Теперь вы - ключ доступа к доселе неприступной локации.

В конце вы оказываетесь ключом к победе, когда ваши друзья по отряду уничтожают защиту строггов, и вам необходимо вырубить "Нексус", и окончательно уничтожить Макрона.